Το μουσειολογικό πρόγραμμα του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας στηρίζεται σε πέντε βασικές εκθεσιακές-θεματικές ενότητες:

Αρχαιολογική-Ιστορική αναδρομή

Οικισμοί των Ιστορικών χρόνων

Δημόσιος Βίος

Ιδιωτικός Βίος

Ταφικά έθιμα

Συγκεκριμένα, στην Αίθουσα I, στο ισόγειο του κτιρίου φιλοξενούνται δύο θεματικές ενότητες, η Αρχαιολογική-Ιστορική Αναδρομή στο παρελθόν της Θεσπρωτίας και οι σημαντικότεροι Οικισμοί των Ιστορικών Χρόνων.

Η πρώτη θεματική ενότητα έχει ως στόχο τη δημιουργία ενός ''εισαγωγικού'' τμήματος, που λειτουργεί ως το χρονολογικό εργαλείο παρακολούθησης της έκθεσης. Το ρόλο αυτού του εργαλείου αναλαμβάνουν ο αρχαιολογικός-ιστορικός χάρτης, τα χρονολόγια και τα χαρακτηριστικά ευρήματα της κάθε εποχής.

Ακολούθως, στη δεύτερη ενότητα παρέχεται η δυνατότητα να γνωρίσει ο επισκέπτης τους κυριότερους οικισμούς των ιστορικών χρόνων μέσα από επιλεγμένα αρχιτεκτονικά και κινητά ευρήματα.

Η Αίθουσα II, βρίσκεται στον ημιώροφο και είναι αφιερωμένη στο Δημόσιο βίο. Μέσα από επιλεγμένα ευρήματα και πληροφοριακό - εποπτικό υλικό επιχειρείται η παρουσίαση των πολιτικών θεσμών και των δραστηριοτήτων του πολίτη στο θεσπρωτικό χώρο. Οι όψεις του δημόσιου βίου παρουσιάζονται μέσα από τις εξής θεματικές υποενότητες: α) οικονομική και πολιτική οργάνωση, β) δημόσια κτίρια, γ) πόλεμος-οπλισμός, δ) ναοί και λατρείες.

Η Αίθουσα III, βρίσκεται, επίσης, στον ημιώροφο και φιλοξενεί την ενότητα που αναφέρεται στον ιδιωτικό βίο των κατοίκων της αρχαίας Θεσπρωτίας. Με τη βοήθεια επιλεγμένων ευρημάτων καθώς και του πληροφοριακού - εποπτικού υλικού, παρουσιάζονται εικόνες της καθημερινής ζωής από την Ελληνιστική και τη Ρωμαϊκή εποχή, περιόδους από τις οποίες αντλούμε και τα περισσότερα αρχαιολογικά δεδομένα για τη Θεσπρωτία. Η παρουσίαση του ιδιωτικού βίου δομείται από τις εξής θεματικές υποενότητες: α) επαγγέλματα και ασχολίες, β) η ζωή μέσα στο σπίτι, γ) καλλωπισμός-ένδυση.

Η τελευταία ενότητα της έκθεσης αναπτύσσεται στην Αίθουσα IV, στον όροφο του Μουσείου. Πραγματεύεται το ιδιαίτερα ευαίσθητο και συγκινησιακό θέμα του θανάτου, επικεντρώνοντας στη διαχρονική εξέλιξη των ταφικών εθίμων και πρακτικών στο θεσπρωτικό χώρο. Παρουσιάζεται το πλούσιο μυθολογικό παρελθόν που συνδέει τους ποταμούς της Θεσπρωτίας με τον Κάτω Κόσμο, η εξέλιξη της ταφικής αρχιτεκτονικής από την Αρχαϊκή ως τη Βυζαντινή περίοδο, οι πρακτικές ταφής (ενταφιασμός, καύση), τα κτερίσματα και η σημασία τους     Συντάκτης
Γεώργιος Ρήγινος/Ουρανία Πάλλη, Αναπληρωτής Προϊστάμενος ΛΒ' ΕΠΚΑ/Αρχαιολόγος ΛΒ' ΕΠΚΑ
   
Ενότητες της Έκθεσης   Οι Θεματικές Ενότητες της έκθεσης είναι:
1. Αρχαιολογική-Ιστορική Αναδρομή
2. Οικισμοί των Ιστορικών χρόνων
3. Δημόσιος βίος
4. Ιδιωτικός βίος
5. Ταφικά έθιμα
Τα εκθέματα της έκθεσης ανά θεματική ενότητα είναι:
ENOTHTA 1: λίθινα εργαλεία, χειροποίητα πήλινα αγγεία, μηκυναϊκά πήλινα και μεταλλικά προϊόντα, κινητά ευρήματα γεωμετρικής, αρχαϊκής, ύστερης κλασικής - ελληνιστικής, ρωμαϊκής και βυζαντινής εποχής
ΕΝΟΤΗΤΑ 2: αρχιτεκτονικά μέλη και κινητά ευρήματα από τους αρχαίους οικισμούς της Ελέας, των Γιτάνων, της Ντόλιανης και του Λαδοχωρίου
ΕΝΟΤΗΤΑ 3: επιγραφές, νομίσματα, ενσφράγιστες λαβές, σφραγίσματα, μέτρα και σταθμά, κινητά ευρήματα από δημόσια κτίρια, όπλα, αναθήματα από ιερά
ΕΝΟΤΗΤΑ 4: εργαλεία διαφόρων επαγγελμάτων, παιχνίδια, μουσικά όργανα, εξαρτήματα υφαντικής και κεραμικά προϊόντα, λουτήρες, σύνεργα καλλωπισμού, κοσμήματα
ΕΝΟΤΗΤΑ 5: ακέραιοι αυθεντικοί τάφοι και σκελετοί, κτερίσματα
Τα σημαντικότερα εκθέματα της έκθεσης είναι: ακέραιο σιδερένιο, επάργυρο κράνος και σιδερένιος θώρακας από κιβωτιόσχημο τάφο του 4ου αι. π.Χ.
Πήλινο σφράγισμα του Κοινού των Θεσπρωτών του 4ου αι. π.Χ.
Χάλκινα κύμβαλα, Ελληνιστικής περιόδου.
Πήλινο αγγείο μορφής καθήμενου λέοντος, Ελληνιστικής περιόδου.